Bioinformágica

Bienvenidos a bioinformática. Atrás quedó el lamentarse por tener que hacer un BLAST y que se corte internet. Olvidense de las clases de BI de otras materias o de como armar un primer, la posta está acá.

• La evaluación incluye un examen parcial y un trabajo práctico, ambos al final de la materia. El práctico se divide en una mitad obligatoria necesaria para aprobarlo con 5 y una mitad extra para llegar al 10.
• Es fácil de aprobar pero dificil de promocionar (tranqui, la gran mayoria promociona pero completar bien el TP puede llevar un fin de semana sin dormir). El parcial no es dificil pero si bastante largo.

• Tener algun conocimiento previo de programación ayuda pero no es esencial. En la materia van a programar en R y en la consola de comandos de Linux (a.k.a. bash).

• Al principio de la materia los profes hacen una encuesta para evaluar cuanto saben y armar grupos de 2 (uno que sabe, uno que no) obligatorios para las clases practicas pero no para el TP. Si no sabes nada de nada, esto ayuda.

• La mayoria de las clases teoricas las da Fernan Aguero, pero tambien van a tener a Lucia Chemes (sus preguntas en el parcial son jodidas) y a Morten Nielsen (sus clases son en inglés).

Por bioinformática se entiende una disciplina de manejo de bases de datos relativamente grandes, con información generalmente “genómica”, proteómica, o de cualquier “ómica”.

La bioninformática es solo una parte de la biología computacional, que incluye disciplinas relevantes que apenas se mencionan en LBT. En particular:

• Biología de sistemas
• Análisis de flujos metabólicos
• Modelado de proteínas
• Análisis de redes biológicas
• Aprendizaje automático y “deep” learning.
• …

Muchos de estos temas se dan en otras universidades, y vale la pena considerarlas como optativas.

• La linea de comandos es intimidante al principio pero aprendan a usarla y sus vidas van a ser mucho mas felices.

• Tambien pueden usar servicios web para muchas de las actividades (vease la lista abajo). Tengan en cuenta que les gusta fallar el dia anterior a la entrega del TP.

Si tienen problemas con algun programa o comando y no hay un profesor a mano pueden usar:

• Google (DuckDuckGo si son pillos)

• En la terminal de Linux, cosas del estilo man comando, comando -h, o comando –help sirven para ver las instrucciones del comando con el que tengan problemas.

• Siempre pueden preguntarle a un compa de clase o a sus amigos de Frubox!

Proximamente: un hermoso compilado de pdfs que encontre tirados

Si entendes el chiste ya aprobaste.