Bioinformática

💡 Acerca de la materia

Bienvenidos a Bioinformática. Atrás quedó el lamentarse por tener que hacer un BLAST y que se corte internet. Olvídense de las clases de BI de otras materias o de como armar un primer, la posta está acá.

¿Cómo es la materia?

• Es sencillo de aprobar pero difícil de promocionar (tranqui, la gran mayoria promociona pero completar bien el TP puede llevar un fin de semana sin dormir).
• La evaluación incluye un examen parcial al final de la materia. Parece eterno de lo largo que es, pero es súper claro y completo si resolviste los TPs. En otras palabras, no es dificil pero sí bastante largo.
• Tiene más clases prácticas que teóricas, y algunos TPs en el camino.
• Tener algun conocimiento previo de programación ayuda aunque no sea esencial. En la materia van a programar en R y en la consola de comandos de Linux (a.k.a. bash).
• La mayoría de las clases teóricas las da Fernán Agüero, pero también van a tener a Lucía Chemes y a Morten Nielsen (sus clases son en inglés, aunque él sepa hablar español).

Lo que deja afuera

Por bioinformática se entiende una disciplina de manejo de bases de datos relativamente grandes, con información generalmente "genómica", proteómica, o de cualquier "ómica".

La bioninformática es solo una parte de la biología computacional, que incluye disciplinas relevantes que apenas se mencionan en LBT. En particular:

• Biología de sistemas
• Análisis de flujos metabólicos
• Modelado de proteínas
• Análisis de redes biológicas
• Aprendizaje automático y "deep" learning.
• ...

Muchos de estos temas se dan en otras universidades, y vale la pena considerarlas como optativas.

Un par de consejos

• La linea de comandos es intimidante al principio pero aprendan a usarla y sus vidas van a ser mucho mas felices.
• Tambien pueden usar servicios web para muchas de las actividades (vease la lista abajo). Tengan en cuenta que les gusta fallar el dia anterior a la entrega del TP.

Enlaces útiles:

• Búsqueda de ORFs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
• Búsqueda de secuencias homólogas https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
• Alineamientos múltiples https://www.genome.jp/tools-bin/clustalw
• Creación de árbol filogenético http://iqtree.cibiv.univie.ac.at/
• Creación de HMM https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmsearch

Si tienen problemas con algun programa o comando y no hay un profesor a mano pueden usar:

• Google (DuckDuckGo si son pillos)
• En la terminal de Linux, cosas del estilo man comando, comando -h, o comando --help sirven para ver las instrucciones del comando con el que tengan problemas.
• Siempre pueden preguntarle a un compa de clase o a sus amigos de Frubox!

💭 Experiencias

✏️ Escribinos con tu experiencia a unsam@frubox.com y lo agregamos acá.

📱 Grupos de whatsapp

💬 Intro a la bioinformática

📂 Carpeta Frubox

Memes

Si entendes el chiste ya aprobaste.